慢性骨髓炎的致病菌常為多種細菌的混合感染，但金黃色葡萄球菌仍是主要的病原體。此外，革蘭陰性桿菌也占很大比例，Gentry于1990年在一篇題為“骨髓炎的抗生素治療”中指出50%的慢性骨髓炎患者其致病菌為革蘭陽性桿菌。由骶部褥瘡引起者多為葡萄球菌、大腸桿菌、綠膿桿菌及奇異變形桿菌等多種細菌引起的混合感染，在人工關節置換或其他異物存留引起的慢性骨髓炎者，其致病菌多為陰性凝固酶葡萄球菌(coagulasenegativestaphylococcus)，近年來真菌引起者也屢有報道。
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慢性血源性骨髓炎,慢性血源性骨髓炎的癥狀,慢性血源性骨髓炎治療
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