中國中醫科學院針灸醫院是以針灸為主的綜合性醫療機構，科室設施較全，擁有一支高年資、高水平的臨床隊伍，開設了內、外、婦、兒、皮膚、五官、口腔、腫瘤、骨傷、按摩以及中醫、針灸等20多個臨床科室，共有醫務人員百余名，在針灸治療各種疼痛性疾病、冠心病心絞痛、高血壓、缺血性血管病、胃下垂、良性甲狀腺結節、單純性面神經麻痹、肩關節周圍炎、頸椎病、中心性視肉膜脈絡膜病變以及針灸養生保健、抗疲勞、抗衰老等方面均取得了較好的效果。1951年政務院正式批準在衛生部下建立針灸療法實驗所，下設門診部，廣泛開展針灸醫療并培訓針灸人才。　　1955年中國中醫研究院成立，經中央文委批準，針灸療法實驗所改名為中醫研究院針灸研究所，設有五個針灸治療室、X光室、化驗室以及生理、生化解剖等基礎研究室。　　1983年，針灸研究所被確定為世界衛生組織傳統醫學（針灸）合作中心，門診開展了以針灸為主治療神經循環運動消化呼吸內分泌泌尿生殖系統以及疼痛性和疑難雜癥，均取得良好效果，受到患者好評。　　2003年針灸研究所門診部通過加強內涵建設，提高服務質量，實現了計算機聯網管理，年底，被評為北京市醫保定點單位，使服務質量和門診量得到了進一步提高。　　2005年11月中國中醫研究院更名為中國中醫科學院，同時決定將針灸研究所門診部變更為“中國中醫科學院針灸醫院”，并由上級衛生主管部門頒發了中國中醫科學院針灸醫院執業許可證。　　中國中醫科學院針灸醫院，是以祖國傳統中醫藥為特色，以中國中醫科學院權威科研實力為后盾，以著名中醫腫瘤專家領先科研成果為優勢的中醫腫瘤醫療單位，也是中國中醫科學院名老專家抗腫瘤科研成果的指定推廣單位和示范單位。中國中醫科學院針灸醫院在腫瘤治療中充分總結和繼承了我院著名腫瘤學家余桂清教授、樸炳奎教授等的學術思想和治療理念，運用以我國中醫腫瘤學科創始人――余桂清教授提出的“扶正培本，健脾益腎”理論為依據總結出的“抑扶平衡療法”，遵循局部與整體相結合、扶正與祛邪相結合、中醫與西醫相結合的三大腫瘤防治原則，結合中國中醫科學院著名腫瘤專家組研制的抗腫瘤系列成果蟄龍丸、扶正消癥膠囊、益肺清化顆粒、健脾益腎顆粒、養陰生血合劑等辨證施治，輔以體療、心療、食療等方法，協同手術、放化療，在治療肺癌、肝癌、胃癌、直腸癌、胰腺癌、乳腺癌、淋巴癌、腦瘤、膽囊癌、膽管癌、宮頸癌等各類腫瘤方面有著豐富的經驗，在治療腫瘤疑難雜癥、全面提高患者的抗腫瘤能力、改善患者的生存質量、延長患者的生存期等方面取得了良好的效果，贏得了海內外眾多患者的信賴和稱贊。